Dateien und Software zur Verwendung von Polynator 1.7.X
L. Link, R. Niewa, J. Appl. Crystallogr. 56 (2023) 1855-1864. doi.org/10.1107/S1600576723008476
- Polynator Python-Version (zip-file)
- Polynator Windows-Version (zip-file)
- Bedienungsanleitung Polynator
Polynator ist ein Programm das Modellpolyeder an Koordinationsumgebungen anpasst indem es die Fehlerquadrate der Ecken minimiert. Es beinhaltet eine grafische Benutzeroberfläche, liest .cif-Dateien ein und erkennt und verarbeitet Koordinationsumgebungen mit minimalem Aufwand für den Benutzer.
Verbesserungen der Python-Version von 1.7 auf 1.7.1:
- Behebung eines Fehlers, der das direkte Ausführen der Datei polynator_main.py unmöglich machte. Dieser Fehler hat die Windows-Version und die GUI-basierte Python-Version nicht betroffen.
Verbesserungen gegenüber älteren Versionen, insbesondere 1.6:
- Verbesserungen am Algorithmus zur Eckpunktszuweisung
- Neues Input-Fileformat (.mol)
- Bessere Möglichkeiten zum Erstellen von Suchanforderungen für Substrukturen
- Änderungen bei Elementplatzhaltern
- Neues Objekt für Eckpunktszuweisungen
- Tags über # suchbar
- Änderungen am GUI
- Kleinere Änderungen an der Suchforlage für Modelle und Substrukturen
Bugfixes:
- Display stürzt ab, wenn angepasste Moleküle mit Liganden, aber ohne das Molekül selbst angezeigt werden
- Icon wird nicht im Einstellungsfenster angezeigt
- .xyz-Files mit abschließenden Leerzeilen können nicht analysiert werden
- Psi1-trig. Bipyramide (und möglicherweise andere Pseudopolyedermodelle): Ecken werden nicht korrekt angepasst
- Maximal_supertetrahedra findet nicht das Supertetraeder[2]
- Die Anzeige von gemischten Anpassungen (Voronoi-Ecken und reale Atome) zeigt kombinierte konvexe Hüllen
Verbesserungen gegenüber älteren Versionen, insbesondere 1.5:
- Teilstruktursuche jetzt element-sensitiv
- Graph-basierte Modellanpassung (optional)
- Berechnung minimaler Begrenzungssphären
- Verbesserte Benutzeroberfläche
- Verschiedene Fehler behoben
Rückfragen, Verbesserungsvorschäge und Kommentare bitte an polynator@iac.uni-stuttgart.de
Dateien zur Verwendung von PolyDis
D. Stoiber, R. Niewa, Z. Kristallogr. 234 (2019) 201-219.
PolyDis basiert auf Microsoft Excel. Es passt Modellpolyeder an Koordinationsumgebungen an, indem es die absoluten Abweichungen der Ecken minimiert. Es überlässt dem Benutzer die volle Kontrolle über jede Koordinate in einer Koordinationsumgebung und modelliert jeweils ein Polyeder.
Rainer Niewa
Prof. Dr. rer. nat.Professor